颜君
个人简介
颜君，男，1983年2月生，山东济宁人。博士后，副教授，硕士生导师。2019.3获“泰安市高层次人才”证书。2018.7再次入选山东农业大学“1512”工程第四层次（2014-2016，入选四层次；2016-2018，三层次；2018-2022，四层次）。2019年度年终考核优秀（占15%），2019年度学院青年科研标兵（仅5人），2023年度学院科研标兵（仅6人）。2002.9-2006.7在曲阜师范大学生命科学学院攻读生物技术学士学位。2006.9-2013.6在华中科技大学生命科学与技术学院硕博连读，攻读生物物理学博士学位，师从郭安源教授和刘剑峰教授。2015.9-2019.5在职博士后，顺利出站，师从山东农业大学作物生物学国家重点实验室泰山学者孔令让教授。2013.7来山东农业大学信息学院工作。
从事生物信息学分子进化、植物抗逆性生物信息学分析、生物物理学大分子结构预测和三维建模等研究。熟悉生物信息学分子进化研究的普通流程，博士期间发表多篇关于动物转录因子等分子进化的SCI论文。大学期间自学过计算机本科专业主要课程，获得了国家计算机等级考试四级（最高级，05年考试不分科）、三级数据库、二级VF、二级C四张证书。目前专注于小麦、棉花等植物的抗逆性分子进化研究、比较基因组、转录组测序、重测序、机器学习在生物信息学的应用、农业信息化、智慧农业等问题。近期发表关于小麦IAA、RLK、PK和PRX等基因家族分子进化的SCI论文多篇。
主要业绩：（1）至今已发表学术论文22篇，其中第一作者或者通讯作者SCI论文10篇(一区二区三区，累计影响因子>35.52)，第一作者或者通讯作者中文核心5篇。（2）主持基金6项（省创新团队基金等），排名第二参加基金2项（国基和省基），参加作物生物学国家重点实验室开放课题1项，累计247万。（3）指导大学生研究训练计划（SRT）8项，其中结题7项（在研1项），其中国家级1项，省级1项。（4）获批软件著作权4项。
教育教学工作
1. 山东农业大学校级教学成果奖一等奖，《基于学科交叉融合视域下的“生物物理学”本科教学模式的探索与实践》（颜君、刘会香、宋洁、袁玉龙、孙丰伟、李阳、陈军）（2024.11）
2. 山东农业大学2024年度教学改革研究项目，《基于新农科背景下的学科交叉“生物物理学”课程内容体系的改革与实践》（颜君、刘会香、宋洁、袁玉龙、孙丰伟、李阳、陈军）（在研，2025.1-2027.12）
3. 承担本科生《大学物理学实验》和《生物物理学》（齐鲁学堂2021级、2022级）等课程的教学和网站建设。
4. 《生物物理学》（http://mooc1.chaoxing.com/course/225573432.html）超星慕课平台网站为本人负责建站维护内容，点击量超20万。
5. 指导大学生研究训练计划（SRT）8项，其中结题7项（在研1项），其中国家级1项，省级1项，校级3项。结题项目：①2017年度校级SRT，《基于“摇一摇”的自动点名教学辅助app的设计与实现》（证书编号：2017010011X）（指导老师：颜君，学生：谢金兴、孙子文、刘召苓）（结题）。在研项目：②2017年度国家级SRT，《小麦抗旱转录组研究》（证书编号：20170559）（指导老师：颜君、孔令让，学生：王银莹、洪亚晴、刘正一）（结题）；③2019年度院级SRT，《学生考勤管理系统》（指导老师：颜君，学生：马志浩、王皓、谷甲贺）（结题）；④2021年度校级SRT《且笑/ Just Smile——基于深度卷积神经网络的表情分析软件》（指导老师：颜君，学生：种法智、李佳轩）（结题）；⑤2022年度院级SRT《“且笑/Just Smile” v2.0——基于机器学习算法的表情分析软件的新功能模块扩增》（指导老师：颜君，学生：薛琴，李佳轩，种法智）（2022.1-2024.6）（结题）；⑥2022年度院级SRT，《构建一个基于机器学习方法寻找小麦抗逆基因的软件》（指导老师：颜君，学生：刘锐，陈梦蕊，陈鑫超）（2022.1-2024.6）（结题）；⑦2023年度校级SRT《利用机器学习算法预测小麦全基因组蛋白互作网络关系》（指导老师：颜君，学生：张兆旭、管思彤、林一鸣）（2023.3-2024.7）（结题）；在研项目：⑧2024年度省级SRT《基于机器学习和生物信息学研究小麦“基因-表型”关系》（指导老师：颜君，学生：梁浩霖、杨秀才、李志栋、李明雪）（2024.5-）（在研）。
6. 2021年7月《大学物理学实验》获批山东省一流课程（排名第三）。
7. 参编大学物理教材8部。
8. 参加2018年度中华农业科教基金1项。
9. 2018-至今，指导多名学生（含齐鲁学堂2021-2024级学生）获得山东省大学生物理竞赛一等奖、二等奖、三等奖。
科学研究工作
研究方向：
1.生物信息学分子进化
2.生物物理学大分子结构预测和三维建模
3.小麦、棉花等植物的抗逆性分子进化研究、比较基因组、转录组测序、重测序、机器学习在生物信息学的应用等问题
4.农业信息化、智慧农业等相关问题
科研简介：（项目、论文、专利、获奖等情况）
科研项目（2010-2024年）
1. 山东省高等学校“青创人才引育计划”项目，基于机器学习的农业生物信息学创新团队，2022.5-2025.9.（主持，200万）（在研）
2. 山东省教育厅高等学校科技计划项目，基于系统进化和比较转录组测序研究小麦RLK 基因家族的抗旱功能（J18KA117），2018.5-2022.12.（主持，2万）（结题）
3. 泰安市2019年科学技术发展计划（引导计划），基于深度学习寻找小麦抗逆基因的共性（2019NS080），2019.12-2023.12.（主持，0万，引导计划无资）（结题）
4.山东农业大学青年科技创新基金项目，WRKY基因的分子进化和结合位点分析（140-23848），2014.1-2018.12.（主持，2万）（结题）
5.山东农业大学信息学院青年教师科研骨干培养项目，基于高通量测序研究小麦抗旱机理和相关流程平台的搭建（xxxy201707），2017.11-2020.11.（主持，4万）（结题）
6.山东农业大学信息学院国家自然科学基金申报项目资助计划，2018.4-2021.4.（主持，2万）（结题）
7.国家自然科学基金青年科学基金项目，基于激活行为差异的C族GPCRs同源二聚体的激活信号传导机制研究（31100548），2012.1-2014.12.（排名第二参加，23万）（结题）
8.山东省省基金博士基金项目，分子动力学模拟探究淀粉样蛋白错误折叠的物理机制（ZR2016BB13），2016.11-2018.11.（排名第二参加，10万）（结题）
9.山东农业大学作物生物学国家重点实验室开放课题，小麦黄酮醇合成酶基因抗赤霉病的分子机制研究（2021KF03），2021.1-2023.12 （排名第四参加，4万）（结题）
学术论文（2010-2024年，以第一作者及通讯作者发表的部分论文）
第一作者或者通讯作者SCI论文10篇(一区二区三区，累计影响因子>35.52)（按发表日期倒序排列）（*共同第一作者，§通讯作者）
1. Sitong Guan, Yiming Lin, Guoyu Lin, Peisen Su§, Siluo Huang, Xianyong Meng, Pingzeng Liu and Jun Yan§. Real-Time Detection and Counting of Wheat Spikes Based on Improved YOLOv10. Agronomy. 2024; 14(9):1936. （并列通讯作者）(SCI 二区，2023 IF: 3.3)
2. Peisen Su*§, Jingyu Li*, Dongtian Zang, Zhiyu Wang, Yangyang Wu, Shatong Chi, Fanting Sun, Yufei Niu, Xuewen Hua, Jun Yan§, Wenyang Ge§. Genome-wide evolutionary analysis of TKL_CTR1-DRK-2 gene family and functional characterization reveals that TaCTR1 positively regulates flowering time in wheat. BMC Genomics. 2024 May 14;25(1):474.（并列通讯作者）(SCI 二区，2023 IF: 3.5000)
3. Jun Yan*§, Peisen Su*§, Xianyong Meng, Pingzeng Liu§. Phylogeny of the plant receptor-like kinase (RLK) gene family and expression analysis of wheat RLK genes in response to biotic and abiotic stresses. BMC Genomics 2023, 24(1):224.（并列第一作者、并列通讯作者）(SCI 二区，2022 IF: 4.3997)
4. Peisen Su*§, Chao Sui*, Shuhan Wang, Xiaoqian Liu, Guangxu Zhang, Haonan Sun, Kun Wan, Jun Yan§, Shangjing Guo§.Genome-wide evolutionary analysis of AUX/IAA gene family in wheat identifies a novel gene TaIAA15-1A regulating flowering time by interacting with ARF. International Journal of Biological Macromolecules. 2023, 227: 285-296. （并列通讯作者）(SCI 一区，2022 IF: 8.1996)
5. Jun Yan*, Peisen Su*, Wen Li, Guilian Xiao, Xin Ma, Hongwei Wang, Lingrang Kong§, Eviatar Nevo§. Genome-wide and evolutionary analysis of the class III peroxidase gene family in wheat and Aegilops tauschii reveals that some members are involved in stress responses. BMC genomic. 2019, 20(1):666 （共同第一作者）(SCI 二区，2019 IF: 3.594)
6. Jun Yan, Guilin Li, Xingqi Guo, Yang Li, Xuecheng Cao§．Genome-wide classification, evolutionary analysis and gene expression patterns of the kinome in Gossypium. PLoS One.13 (2018) e0197392.（第一作者） (SCI 三区，2018 IF:2.776)
7. Jun Yan, Peisen Su, Zhaoran Wei, Eviatar Nevo§, Lingrang Kong§．Genome-wide identification, classification, evolutionary analysis and gene expression patterns of the protein kinase gene family in wheat and Aegilops tauschii. Plant Mol Biol. 2017, 95(3): 227-242. （第一作者）(SCI二区，2017 IF: 3.543)
8. Jun Yan, Haibo Jia, Zhaowu Ma, Huashan Ye, Mi Zhou, Li Su, Jianfeng Liu and An-Yuan Guo§. The evolutionary analysis reveals domain fusion of proteins with Frizzled-like CRD domain． GENE, 2014, 533: 229-239 （第一作者）（SCI三区，2014 IF：2.138）
9. Jun Yan, Zhaowu Ma, Xiaopeng Xu, An-Yuan Guo§. Evolution, functional divergence and conserved exon–intron structure of bHLH/PAS gene family．Molecular Genetics and Genomics, 2014, 289(1): 25-36（第一作者）（SCI 三区，2014 IF：2.728）
10. Mi Zhou*, Jun Yan*, Zhaowu Ma, Yang Zhou, Nibras Najm Abbood, Jianfeng Liu, Li Su, Haibo Jia§ and An-Yuan Guo§. Comparative and Evolutionary Analysis of the HES/HEY Gene Family Reveal Exon/Intron Loss and Teleost Specific Duplication Events．PLoS One, 2012, 7(7): e40649 （*共同第一作者）（SCI二区，2012 IF：3.73）
第一作者或者通讯作者中文核心论文5篇（按发表日期排列）（§通讯作者）
11 颜君，郭安源，贾海波§，刘剑峰§. HEY转录因子的研究进展．现代生物医学进展（2013.4：763-768）（第一作者）（中国科技核心）
12. 颜君，郭安源，贾海波§，刘剑峰§. HES转录因子的研究现状．现代生物医学进展（2013.5：959-965）（第一作者） （中国科技核心）
13. 颜君，郭兴启，曹学成§. WRKY 转录因子的基因组水平研究现状．生物技术通报（2015.11：9-17）（第一作者） （中文核心）
14. 张兆旭，管思彤，林一鸣，苏培森，黄思罗，孟宪勇，柳平增§，颜君§. 机器学习方法在植物基因组信息预测中的研究现状. 生命科学. 2024, 36 (3), 302-315.（并列通讯作者）（中文核心）
15. 管思彤，张兆旭，林一鸣，苏培森，黄思罗，孟宪勇，柳平增§，颜君§. 机器学习方法在植物表型分析中的研究现状. 山东农业科学. （2025.6网络出版）（并列通讯作者）（中文核心）
其他论文（其他作者SCI论文和中文核心等）（按发表日期排列）
16.Zhaowu Ma*, Yuliang Wu*, Jialu Jin, Jun Yan, and An-Yuan Guo§. Phylogenetic analysis reveals the evolution and diversification of cyclins in eukaryotes． MOL PHYLOGENET EVOL, 2013，66(3): 1002-1010. （第三作者）（SCI三区，2013 IF：4.018）
17.Hong Sun* , Baoya Pang*, Jun Yan, Ting Wang, Lina Wang, Chunhua Chen, Qiang Li§, Zhonghai Ren§. Comprehensive Analysis of Cucumber Gibberellin Oxidase Family Genes and Functional Characterization of CsGA20ox1 in Root Development in Arabidopsis. International journal of molecular science. 2018, 19(10). （第二作者）(SCI 二区，2018 IF: 4.183)
18. Peisen Su*, Lanfei Zhao*, Wen Li, Jinxiao Zhao, Jun Yan, Xin Ma, Anfei Li, Hongwei Wang§ and Lingrang Kong§. Integrated metabolo-transcriptomics and functional characterization reveals that the wheat auxin receptor TIR1 negatively regulates defense against Fusarium graminearum. Journal of Integrative Plant Biology. 2020, 7.（第四作者）(SCI 一区，2020 IF: 7.061)
19. 苏培森, 隋 超，颜君，王晨，韩磊，王舒涵，刘晓倩，郭尚敬§. 不同小麦花青素含量多样性及其合成基因表达分析．山东农业科学. 2022，54( 12) : 9～17.（第三作者）（中文核心）
20. Weiping Wang*, Jiming Hu*, Han Li, Jun Yan and Xiaoyong Sun§. PlantIntronDB: a database for plant introns that host functional elements. Database (Oxford). 2023 Nov 9;2023:baad082. （第三作者）(SCI 四区，2023 IF: 3.4)
21. Jiming Hu, Zhongzhen Tang, Yongzhen Wang, Jun Yan, Xiaoyong Sun§. DeepECD: A model for predicting plant extrachromosomal circular DNA from sequences. Journal of Biotech Research. 2024，16：40-47. （第四作者）(新杂志2023首个影响因子，2023 IF: 2.3)
22. Yubing Sun, Lixin Ning§, Bin Zhao§, and Jun Yan. Tomato Leaf Disease Classification by Combining EfficientNetv2 and a Swin Transformer. Applied Sciences. 2024; 14(17):7472. （第四作者）(SCI 四区，2023 IF: 2.5)
软件著作权
1.《且笑——基于表情识别的内容推送小程序[简称：且笑] V1.0》（软著登字第9868688号，2022.7.11），申请人：山东农业大学（颜君、种法智、李佳轩）
2.《XGBoost基因评估系统V1.0》（软著登字第11538161号，2023.8.18），申请人：山东农业大学（颜君、刘锐）
3.《麦田智能灌溉系统V1.0》（软著登字第14102227号，2024.11.5），申请人：山东农业大学（颜君、贺加贝、柳平增、崔宝悦）
4.《小麦干旱数据采集系统V1.0》（软著登字第14110851号，2024.11.6），申请人：山东农业大学（颜君、贺加贝、柳平增、崔宝悦）
学术兼职：
中国农学会农业信息分会委员（2024.1-2029.1）
联系方式
通讯地址：山东省泰安市泰山区山东农业大学信息学院
联系电话: 18263876132
E-mail: xinsinian2006@163.com
联系地址：山东省泰安市泰山区山东农业大学信息学院文理大楼606
